Gremien
Die Akademie wird von der Evangelischen Kirche in Deutschland und der Evangelischen Kirche Berlin-Brandenburg-schlesische Oberlausitz getragen. Oberstes Aufsichtsgremium ist die Gesellschafterversammlung, deren Vorsitzende aktuell die Juristin Christine Rieffel-Braune ist. Die Versammlung berät mit der Akademiedirektion über die Programmplanung sowie über inhaltliche, konzeptionelle und pädagogische Angelegenheiten und vereinbart mit der Direktion die Ziele der Arbeit.
Der Gesellschafterversammlung gehören jeweils drei Vertreterinnen und Vertreter der beiden Gesellschafter EKD und EKBO an. Sie werden in Anlehnung an die EKD-Ratsperiode für sechs Jahre berufen. Stellvertretender Vorsitzender ist der Berater und Unternehmer Friedhelm Wachs. Daneben gehören der Gesellschafterversammlung EKBO-Pröpstin Dr. Christina-Maria Bammel, die EKD-Bevollmächtigte Dr. Anne Gidion, Dr. Katrin Rudolph (Superintendentin des Kirchenkreises Zossen-Fläming) und Oberkirchenrätin Dr. Birgit Sendler-Koschel (Leiterin der Bildungsabteilung im Kirchenamt der EKD) an.
Beirat
Ein Beirat mit Persönlichkeiten aus Politik, Gesellschaft, Wirtschaft, Forschung, Kultur und Kirche begleitet die Arbeit der Evangelischen Akademie zu Berlin und berät Direktion und Studienleitung bei der Programmentwicklung. Die Mitglieder des Beirats werden von der Gesellschafterversammlung für jeweils sechs Jahre berufen.